臭豆腐乳含盐和嘌呤量普遍较高，高血压、心血管病、痛风、肾病患者及消化道溃疡患者，宜少吃或不吃，以免加重病情。另外，臭腐乳发酵后， 容易被微生物污染，豆腐坯中的蛋白质氧化分解后产生含硫的化合物。如果吃太多的臭豆腐乳，将对人体产生不良作用，影响身体健康。
臭豆腐的成分：作为最基本的豆腐本身，是由大豆为最根本的原材料，而大豆制品是最可能存在潜在危害的食品。原因是大豆因贮存不当会发生霉 变，以这种大豆为原料制得的豆腐坯其中污染的黄曲霉、赭曲霉等真菌在发酵过程中会产生毒素，污染食品，其毒素会导致人们慢性，急性中毒， 更是会诱发癌症，具有强致癌性。另一个问题是农药残留，在大豆种植过程中使用的有机磷等农药会在人体内蓄积，长期食用会也对人体造成慢性 毒性或致癌等危害。
臭豆腐在发酵过程中产生危害：臭豆腐在发酵过程中，会挥发大量盐基氮，有一种叫“肉毒梭菌”的毒菌，常会随臭豆腐的制作而繁衍其中，而肉 毒杆菌是一种致命病菌，在繁殖过程中分。泌毒素，是毒性最强的蛋白质之一。人们食入和吸收这种毒素后，神经系统将遭到破坏，出现头晕、呼 吸困难和肌肉乏力等症状。
引发人体胃肠道疾病：臭豆腐的发酵工序是在自然条件下进行的，易被微生物污染。另外，臭豆腐发酵前期是用毛霉菌 种，发酵后期易受其他细菌污染，其中还有致病菌。因此，臭豆腐一次不要吃得太多，以免引起胃肠道疾病。
臭豆腐的食品添加剂：臭豆腐所用的添加剂有色素、消泡剂、防腐剂、凝固剂等。添加剂过量会造成重金属超标，消费者食用会导致中毒，由此造 成的重金属中毒事件屡见不鲜。其中，化工原料绿矾似乎成了制作臭豆腐不可缺少的原料，绿矾也叫皂矾，化学名称为硫酸亚铁。硫酸亚铁通常用 于制造工业材料、自来水净化和工业废水处理、饲料添加剂，用不纯的硫酸亚铁处理豆干表面并发酵，可以产生化学反应，生成黑色的硫化铁，这 就是使臭豆腐表面呈黑色的原因。不过，“由于硫酸亚铁在和这些菌、酶等发酵物接触时会迅速发生化学反应，这个过程中会产生许多对人体有害 的化合物。“闻着臭，吃着香”，其臭味是由于发酵后一部分蛋白质的硫氢基和氨基酸游离出来产生硫臭和氨臭。硫化物主要是硫化氢，硫化氢为 无色并具有腐臭味的气体，极毒，人吸入后会引起头痛、眩晕，大量吸入会严重中毒，这无疑又大大增加了臭豆腐的安全隐患。
当然，臭豆腐和豆腐乳都是可以吃的，只是不建议多吃。如果是自制的臭豆腐乳，制作过程卫生环保，用料绿色健康，也不存在食品添加剂的问题 ，其危害也不会像在市场上购买的产品那样危害。虽然臭豆腐以及豆腐乳不是非常健康的食品，但是依旧有很多人很喜欢这类产品。总之味道虽好 ，不要贪食。