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黄体不足的病因现在尚未完全明确，黄体不足的常见原因是垂体分泌的促卵泡激素、黄体生成素不足，或这两种激素分泌不协调引起。促卵泡激素和黄体生成素分泌不足时，可以防碍卵泡发育成熟，这时卵巢虽然可以排卵，但黄体的发育就有可能受到影响而出现黄体不足的现象。
另外，黄体不足的原因还有可能是子宫内膜异位症、流产以后子宫内膜释放前列腺素增多。此外，医生在治疗不孕的时候发现，有时治疗不孕而使用的一些激素也可以引起黄体不足，例如在利用克罗米芬诱发排卵时，虽然药物可以促进排卵，但用药后部分患者会出现黄体不足的现象。
反复自然流产可导致黄体功能不足。在妊娠的头3个月，黄体功能尤为重要。这个阶段黄体分泌高水平的激素，可使子宫内膜增生、肥厚，为胚胎种植提供有利的环境。
总的来说，黄体不足与下列因素有关：
1、卵泡期促卵泡激素分泌不足，卵泡液中促卵泡激素和雌二醇低值。
2、排卵期黄体生成素峰不充分。
3、黄体期黄体生成素分泌不足或其脉冲式分泌不充分。
4、子宫内膜细胞甾体激素受体异常，对黄体分泌的激素反应性低下，可使黄体功能正常，内膜发育不良。
黄体不足就不能维持正常的妊娠。在月经周期的后半期和妊娠头3个月，阴道塞入含孕激素的栓剂，有助于改善黄体功能。不过，必须避免人工合成的孕激素，比如妊娠早期应用甲孕酮、炔诺酮可能对胎儿有害。